携带乙型或丙型肝炎病毒的中重度肝损害的患者的药代动力学研究表明其洛匹那韦的血药浓度大约增加30％，而其血浆蛋白结合率降低。
患有乙型或丙型肝炎患者，或者在治疗前转氨酶就显著升高的病人，转氨酶进一步升高的风险较大。
有些本品上市后的研究报告了患者肝功能障碍情况，包括一些死亡的病例。这些病例一般见于原来有慢性肝炎或肝硬化的晚期HIV病患者合用多种药物的情况。对于AST/AlT升高的患者应该考虑给予监测，特别是接受本品治疗的初始几个月内。耐药性/交叉耐药性在蛋白酶抑制剂间观察到了不同程度的交叉耐药性。
本品对随后使用的其它蛋白酶抑制剂疗效的影响正在研究之中。血友病曾有患A型或B型血友病患者接受蛋白酶抑制剂治疗时出血增多的报告，包括自发性皮肤血肿和关节积血。有些患者给予了辅助因子Ⅷ。报告病例中一半以上继续或重新使用蛋白酶抑制剂进行治疗。尚未明确蛋白酶抑制剂治疗与这些事件的因果关系。脂肪再分布曾在接受抗逆转录病毒治疗的患者观察到身体脂肪的再分布或堆积，包括向心性肥胖、背颈部脂肪增多（水牛背）、四肢消瘦、面部消瘦、乳房增大和“库兴氏综合征面容”等症状。这些症状的发生机理和远期后果目前未知。尚未确定其因果关系。脂质升高洛匹那韦/利托那韦治疗可引起总胆固醇和甘油三酯浓度大幅上升。
在开始用本品治疗过程中以及在治疗的间歇期应定期检测甘油三酯和胆固醇水平。应采取恰当的临床措施处理脂质紊乱。免疫重组综合症已经有报告在联合使用抗逆转录酶病毒剂治疗时会发生免疫重组综合症，包括洛匹那韦/利托那韦。
在联合抗逆转录酶病毒剂治疗的初始阶段，那些患者的免疫系统应答可能会产生对无症状感染或残余机会感染的炎症反应（如分支杆菌感染，细胞巨化病毒，卡氏肺孢子虫肺炎或结核），可能需要进一步进行评价和治疗。
